Das Institut vereint moderne Laborforschung zur System-, Zell- und Strukturbiologie von Krankheitserregern mit entomologischer Forschung an Überträgertieren, immunologischer und epidemiologischer Forschung, klinischen Studien zur Pathophysiologie und Wirkstoffentwicklung, Krankheitsbekämpfung in ressourcenarmen Endemiegebieten, Entwicklung neuer Diagnostika und moderner Aus-, Fort- und Weiterbildung.
Aktuelle Forschungsschwerpunkte bilden Malaria, Wurminfektionen und andere Parasitosen sowie Erkrankungen durch Arboviren und hämorrhagische Fieberviren. Für den Umgang mit hochpathogenen Viren und infizierten Insekten verfügt das Institut über Laboratorien der höchsten biologischen Sicherheitsstufe (BSL-4) und ein Sicherheits-Insektarium (BSL-3).
Das BNITM unterhält seit 25 Jahren eine Forschungsinfrastruktur auf dem Campus der Universität von Kumasi (Ghana). Im Kumasi Centre for Collaborative Research (KCCR) werden Forschungsprojekte in Zusammenarbeit mit ghanaischen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern durchgeführt. Darüber hinaus bestehen zahlreiche Kooperationen mit Forschenden und wissenschaftlichen Einrichtungen u.a. in weiteren afrikanischen Ländern, insbesondere Gabun, Nigeria, Tansania und Madagaskar.
Die Versorgungsleistungen des Instituts umfassen die spezielle Labordiagnostik sowie die Kapazitätenstärkung und Beratung für Wissenschaft, Wirtschaft, Politik und Öffentlichkeit. Die Lehrtätigkeit beinhaltet einen tropenmedizinischen Kurs für Ärztinnen und Ärzte, studentische Lehre, ein PhD-Fortbildungsprogramm und internationale Weiterbildungsangebote. Das Institut ist Nationales Referenzzentrum für tropische Infektionserreger und WHO Kollaborationszentrum für hämorrhagische Viren und Arboviren.
Das BNITM ist eine Stiftung öffentlichen Rechts. Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft wird es als Forschungsinstitut mit überregionaler Bedeutung gemeinsam durch den Bund, die Freie und Hansestadt Hamburg und die übrigen Bundesländer finanziert.