Wissenschaftliche Datenbanken sind im Allgemeinen nicht miteinander verknüpft und ohne entsprechende Schnittstellen auch nicht vernetzbar. Wenn es jedoch gelingt, vorhandene Datenbanken semantisch und Maschinen-lesbar miteinander zu verbinden und zudem gemeinsame Begriffswelten (Ontologien) der darin enthaltenen Daten aufzubauen, würde dies auch ermöglichen, Wissensdatenbanken (Repositorien) verschiedener Disziplinen zusammenzufügen.
Fallbeispiel III

Ein Mediziner entdeckt im Körper eines Patienten ein Bakterium, das resistent gegen diverse Breitbandantibiotika ist. Er lässt den isolierten Bakterienstamm deshalb von einem mikrobiologischen Labor untersuchen. Die Analyse zeigt ein Bakterium, das der Arzt bisher nicht kannte. Er sucht nach weiteren Informationen und möglichen Therapien, wird in seinem verstaubten Mikrobiologie-Lehrbuch jedoch nicht fündig. Hinzu kommt, dass das Bakterium mehrmals umbenannt wurde. Bei seiner Internet-Recherche findet der Mediziner teils widersprüchliche Angaben zur Behandlung.

Allerdings stößt er dabei auch auf ein neues Portal, das Informationen zu Bakterien aus verschiedenen Quellen und Datenbanken zusammenführt. So erfährt er unter anderem, dass ein Leibniz-Institut einen neuen Wirkstoff gegen das gesuchte Bakterium bereits klinisch erprobt und dass kürzlich ein Bakteriophage entdeckt wurde, also ein Virus, das genau dieses Bakterium abtötet. Der über Monate vergeblich mit Antibiotika behandelte Patient wurde daraufhin in die klinische Studie aufgenommen und konnte schließlich geheilt werden.

Ziel des Fallbeispiels ist es, solch ein umfassendes und Maschinen-lesbares Portal zu schaffen.

Kontakt
Jörg Overmann
Leibniz-Institut DSMZ – Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen, Braunschweig
T 0531 2616 352
Joerg.Overmann@dsmz.de

Jörg Overmann ist wissenschaftlicher Direktor des Leibniz-Instituts DSMZ — Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen in Braunschweig und Professor für Mikrobiologie an der Technischen Universität Braunschweig. An der DSMZ leitet er die Abteilung mikrobielle Ökologie und Diversität und forscht mit seinen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern u. a. zu den evolutionären Grundlagen der Bakteriendiversität sowie Evolution, Ökophysiologie und molekulare Grundlagen bakterieller Multizellularität. Ein weiterer Arbeitsschwerpunkt umfasst die Mobilisierung und Bereitstellung von Metadaten für Biodiversitätsanalysen.