Das Herder‐Institut unterstützt mit seinen Arbeitsbereichen Forschung, Wissensvermittlung, Dokumentation und Digitalität eine Bandbreite wissenschaftlicher Aktivitäten zur historischen und kulturellen Entwicklung Ostmitteleuropas. Im Zentrum des Interesses stehen Estland, Lettland, Litauen, Polen, Tschechien und die Slowakei sowie die russische Exklave Kaliningrad. Ein wichtiges Anliegen ist die gemeinsame Erforschung der Wechselbeziehung dieser Kernregion zu ihren Nachbarn in einem gesamteuropäischen Vergleichskontext. Seit einigen Jahren nimmt die Beschäftigung mit den Digital Humanites immer mehr Raum am Institut ein, im Bereich des Ausbaus digitaler und sozialer Infrastrukturen ebenso wie in der Forschung und Karriereförderung.
Die unikalen Sammlungen bestehen aus einer Forschungsbibliothek zur Geschichte und Kultur Ostmitteleuropas mit inzwischen über einer halben Million Medieneinheiten, einschließlich einer Musiksammlung, einer Samizdat‐Sammlung und einer Pressesammlung. Daneben verfügt das Institut zusätzlich über eines der besten Bildarchive mit Bildträgern aller Art, insbesondere zur Kunst‐ und Kulturgeschichte Ostmitteleuropas (derzeit ca. 700.000 Einheiten), eine Kartensammlung mit rund 45.000 Kartenblättern, ca. 1.200 Altkarten und etwas über 6.300 Luftbildaufnahmen aus den Jahren zwischen 1942 und 1945. Schließlich legt die Dokumentensammlung einen Schwerpunkt auf die Geschichte des Baltikums und sammelt kontinuierlich Nachlässe, Familienarchive, Einzelarchivalien sowie verfilmte Archivalien (etwa 1.300 laufende Regalmeter). Die bereitgehaltenen Materialien sind Ausgangspunkt für eigene Forschungen, eine dichte Kooperation mit den beiden Universitäten in Gießen und Marburg in Forschung und Lehre und die enge Vernetzung mit zahlreichen weiteren Leibniz‐Einrichtungen (Leibniz‐Forschungsverbünde).