Die epochenübergreifende Forschungsarbeit ist in die drei Ressorts »Politik«, »Recht« und »Wissen« untergliedert. Sie eint das Interesse an den Spannungsverhältnissen, die die europäisch-jüdische Geschichte seit dem Zeitalter der Emanzipation prägten: Individualität und Kollektivität, Partikularität und Universalität, Homogenität und Heterogenität, Teilhabe und Ausschluss, Tradition und Profanierung.
Das Dubnow-Institut betreibt geisteswissenschaftliche Grundlagenforschung und möchte durch die Vermittlung seiner Erkenntnisse in die Gesellschaft Differenzierungs- und Reflexionsfähigkeiten stärken. Mit Veranstaltungen, Lehre sowie einem vielseitigen, mehrsprachigen Publikationsprogramm macht es seine Ergebnisse der Öffentlichkeit zugänglich. Eine Institutsbibliothek steht Studierenden und Gästen zur Verfügung.
Zum Publikationsportfolio gehören primär wissenschaftliche Formate wie das zweisprachige Jahrbuch des Dubnow-Instituts/Dubnow Institute Yearbook oder die Schriften des Dubnow-Instituts. Die Essayreihe toldot sowie das Magazin Jüdische Geschichte & Kultur adressieren dagegen auch eine breite, an jüdischen Themen interessierte Leserschaft. Die Reihen hefez und Digitale Kataloge erscheinen hybrid, im Open Access und als Buch. Die Doktorandenschaft des Instituts gibt auf dem Blog Mimeo Einblick in aktuelle Forschungsvorhaben.
Eine wichtige Rolle spielt die nationale und internationale Forschungskooperation. Das Institut unterhält enge Kontakte zu wissenschaftlichen Einrichtungen in Israel, den USA, Europa und Deutschland. Besonders eng ist die Zusammenarbeit mit der Universität Leipzig, der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig, der Hebräischen Universität Jerusalem sowie mit Instituten der Leibniz-Gemeinschaft. Mit seinem jährlich öffentlich ausgeschriebenen Dubnow Institute Fellowship Programm fördert das DI einen interdisziplinären Dialog über Ländergrenzen und akademische Kulturen hinweg und stellt einen Ort des Austauschs für Forschende aus der ganzen Welt dar.