Die Forschung des IOS ist transnational und vergleichend ausgerichtet. Thematisch stehen vier interdisziplinäre Schwerpunktthemen im Vordergrund, die nicht nur innovative Fragestellungen ermöglichen, sondern auch hohe gesellschaftliche Relevanz besitzen:
- Governance zwischen Personalisierung und Formalisierung
- Dynamiken des Austausches (Migration und Handel)
- Formen und Beziehungen von Arbeit im Wandel
- Frozen and Unfrozen Conflicts (Nachwuchsgruppe)
Neben der eigenen Forschung sind Infrastrukturleistungen ein weiterer Schwerpunkt des Instituts. Diese umfassen die Betreuung und Herausgabe von vier internationalen Fachzeitschriften, von Buchreihen, Working Papers und Grundlagenwerken sowie eine Fachbibliothek mit mehr als 320 000 Medieneinheiten. Die Bibliothek bietet umfangreiche elektronische Serviceleistungen an, wie Fachdatenbanken, Forschungsportale und Tiefenerschließungen.
Ein weiteres Arbeitsfeld ist die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Das IOS beteiligt sich an der im Rahmen der Exzellenzinitiative geförderten Graduiertenschule für Ost‐ und Südosteuropastudien von LMU München und Universität Regensburg. Zentral für das IOS ist seine internationale Ausrichtung. Das Institut hat ein eigenes Gastwissenschaftlerprogramm und ist Gastgeber von Stipendiaten anderer Förderorganisationen. Durch die Organisation zahlreicher wissenschaftlicher Veranstaltungen entwickelt es den internationalen Fachdiskurs weiter. Diese Aktivitäten erfolgen vielfach in Zusammenarbeit mit Partnern im In‐ und Ausland.