Gemeinsam arbeiten die WissenschaftlerInnen an einem langfristigen Forschungsprogramm, das engen Bezug zu aktuellen Problemen von Küsten- und Randmeeren nimmt, dabei aber gleichzeitig Schnittstellen zu den wichtigsten internationalen Programmen der Meeresforschung wie der „Surface Ocean - Lower Atmosphere Study - SOLAS“ oder den Kernprojekten des „International Geosphere-Biosphere Programme“ enthält.
Die Schwerpunkte sind 1. Transport- und Transformationsprozesse im Meer, 2. marine Lebensgemeinschaften und Stoffkreisläufe und 3. die Ursachen langfristiger Veränderungen in marinen Ökosystemen.
Die leitenden WissenschaftlerInnen des IOW sind gleichzeitig ProfessorInnen der Universität Rostock bzw. im Falle der Geowissenschaften der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald. Sie beteiligen sich an der meereskundlichen Ausbildung der Universitäten mit eigenen Lehrangeboten.
Das Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie hat dem IOW im Rahmen einer Verwaltungsvereinbarung das Ostsee-Monitoring übertragen, zu dem sich die Bundesrepublik zusammen mit den anderen Ostsee- Anrainerstaaten im Rahmen der Helsinki-Konvention verpflichtet hat. Die Ergebnisse werden in jährlichen Zustandseinschätzungen zusammengefasst.
Das IOW hat direkten Zugang zu dem Forschungsschiff „Elisabeth Mann Borgese“ und benutzt daneben regelmäßig die in Rostock beheimatete „Maria S. Merian“ und andere Vertreter der deutschen Forschungsflotte.
Das IOW ist Gründungsmitglied des Konsortiums Deutsche Meeresforschung (KDM).
