Die ausschließliche Orientierung auf tropische Küsten, ihre Ressourcen und deren Nutzung sowie die Interdisziplinarität der Aufgabenwahrnehmung sind Alleinstellungsmerkmale des ZMT innerhalb der deutschen Forschungslandschaft.
Die Forschungsfelder des ZMT umfassen die Bereiche Ökologie, Biogeochemie und Geologie, Sozialwissenschaften und Ökologische Modellierung.
Das ZMT arbeitet eng zusammen mit Hochschulen und Forschungseinrichtungen im In- und Ausland im Rahmen von universitären Lehrveranstaltungen und Spezialkursen sowie in der Betreuung von Abschlussarbeiten.
In den tropischen Partnerländern beteiligt sich das ZMT am Aufbau von Expertise und Infrastruktur im Bereich des Küstenzonenmanagements.