Am IOS arbeiten Wissenschaftler*innen verschiedener Disziplinen an gemeinsamen Fragestellungen. Die Forschenden sind einerseits in den drei disziplinär ausgerichteten Arbeitsbereichen (Geschichte, Ökonomie, Politik) organisiert, gleichzeitig kooperieren sie in gemeinsamen, gesellschaftswissenschaftlich ausgerichteten Forschungsfeldern. Neben der eigenen Grundlagenforschung bilden wissenschaftliche Infrastrukturleistungen einen Schwerpunkt der Arbeit des Instituts. Diese umfassen die Betreuung und Herausgabe von Fachzeitschriften, Buchreihen, Working Papers und Grundlagenwerken, eine Fachbibliothek mit mehr als 360 000 Medieneinheiten sowie umfangreiche elektronische Serviceleistungen (Repositorien und Forschungsportale).
Das IOS versteht sich als Netzwerkeinrichtung. Es kooperiert besonders eng mit der Universität Regensburg, mit der sie 2019 den Leibniz-WissenschaftsCampus „Europa und Amerika in der modernen Welt. Friktionen und Transformationen von Globalität seit dem 19. Jh.“ etablierte. Eng ist auch die Zusammenarbeit mit anderen Einrichtungen der Leibniz-Gemeinschaft, hinzu kommen zahlreiche Partner im In- und v. a. Ausland. Ein wichtiges Ziel des IOS ist die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses, insbesondere durch die Betreuung von Promovierenden und Habilitierenden. Das IOS ist institutionelles Mitglied der 2012 in der Exzellenzinitiative eingerichteten Graduiertenschule für Ost- und Südosteuropastudien. Darüber hinaus lehren Mitarbeiter*innen des IOS in verschiedenen Studiengängen. Zentral für das IOS ist zudem die Vermittlung von Kenntnissen über der Region auch jenseits des Fachdiskurses, von der Politikberatung über Medienarbeit bis zu öffentlichen Publikumsveranstaltungen und der Wissensvermittlung in Schulen.
