Die wissenschaftliche Arbeit des ZZF gliedert sich, neben dem Bereich der Direktion und Public History, gegenwärtig in fünf Abteilungen: „Kommunismus und Gesellschaft“, „Wissen – Wirtschaft – Politik“, „Medien- und Informationsgesellschaft“, „Regime des Sozialen“, „Globalisierungen in einer geteilten Welt“. Am Institut gibt es zudem verschiedene Bereiche der Vernetzung und des Wissenstransfers: Das 2024 gegründete Leibniz-Lab "Umbrüche und Transformationen" koordiniert am ZZF die Forschungsarbeit von 28 Leibniz-Einrichtungen. Mit partizipativen Veranstaltungsformaten (Moving Labs) verfolgt es das Ziel, Erkenntnisse aus früheren Krisen und Umbrüchen für die Gegenwart und Zukunft nutzbar zu machen. Der Leibniz-Forschungsverbund "Wert der Vergangenheit" verbindet 21 Leibniz-Einrichtungen sowie zahlreiche internationale Kooperationspartner und fragt nach dem Stellenwert der Vergangenheit für Gesellschaften in Geschichte und Gegenwart.
Das 1996 begründete Institut ist national und international unter anderem über ein Gastwissenschaftler*innen-Programm gut vernetzt und fördert den wissenschaftlichen Nachwuchs – rund 50 Promovierende forschen am ZZF. Gemeinsam mit der Freien Universität Berlin bietet das ZZF seit dem Wintersemester 2008/09 den praxisorientierten Masterstudiengang "Public History" an. Das Institut ist über gemeinsame Berufungen mit verschiedenen Universitäten – wie der Universität Potsdam, der Freien Universität Berlin und der Europa Universität Viadrina – verbunden und kooperiert in Forschung, Lehre und Nachwuchsausbildung mit zahlreichen weiteren Hochschulen.
Zentrale Aufgabenfelder des Instituts sind neben der Grundlagenforschung der Wissenstransfer und die Bereitstellung von Forschungsinfrastruktur. Der Bereich Public History dient als Kommunikationsschnittstelle des ZZF mit Hochschulen und Einrichtungen der angewandten Geschichtsvermittlung wie Museen und Gedenkstätten. Die zahlreichen digitalen Angebote des Instituts bereiten fachliches Wissen für die historisch interessierte Öffentlichkeit, die Medien und die historisch-politische Bildung auf. Mit "Zeitgeschichte Digital" hat das Institut eine eigene digitale Forschungsinfrastruktur für die Zeitgeschichte entwickelt.
Die Forschungsergebnisse des ZZF erscheinen als Bücher in vier eigenen Schriftenreihen und werden darüberhinaus in weiteren renommierten Verlagen und in begutachteten Zeitschriften publiziert. Mit seinen Online-Portalen "zeitgeschichte | online", "Docupedia Zeitgeschichte", "Visual History" und dem im Open Access erscheinenden Peer-Review-Journal "Zeithistorische Forschungen" ist das ZZF der führende Anbieter zeithistorischer Information im deutschsprachigen Raum.
Das ZZF wird von einer Doppelspitze geleitet: Direktor Prof. Dr. Frank Bösch und Direktorin Prof. Dr. Gabriele Metzler. Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft wird das Institut vom Land Brandenburg, der Ländergemeinschaft und vom Bund institutionell gefördert. Hinzu kommen Drittmittel, die das Institut für Forschungsvorhaben einwirbt.
