Um diesem Ansatz gerecht zu werden, beschäftigt das GWZO derzeit rund 50 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus verschiedenen geisteswissenschaftlichen Disziplinen wie der Archäologie, der Onomastik, den Geschichtswissenschaften, der Kunst- und Architekturgeschichte, der Ethnologie und der Literaturwissenschaft. Das umfassende Fächerspektrum bildet national und international ein Alleinstellungsmerkmal des Instituts.
Die wissenschaftliche Arbeit des Instituts gliedert sich neben der Abteilung für Wissenstransfer und Vernetzung in die drei Forschungsabteilungen "Mensch und Umwelt", "Kultur und Imagination" und "Verflechtung und Globalisierung".
Die einzelnen Forschungsbereiche arbeiten interdisziplinär, historisch übergreifend und hinsichtlich der Untersuchungsschwerpunkte dynamisch zusammen.
In seiner Forschungsarbeit stützt sich das Institut auf die enge Verbindung zur Universität Leipzig sowie auf ein Netz von Kooperationsbeziehungen mit universitären und außeruniversitären Einrichtungen im östlichen Europa, in anderen Teilen Europas und in Übersee. Damit kann das GWZO in seinen Forschungsvorhaben stets auf bewährte Strukturen aufbauen und gleichermaßen flexibel auf aktuelle Herausforderungen in Wissenschaft und Politik reagieren.
Das GWZO verfügt über eine der besten Forschungsbibliotheken zum östlichen Europa im deutschsprachigen Raum. Der Vermittlung seiner Forschungsergebnisse in die Fachöffentlichkeit, aber auch an einen breiteren Nutzerkreis räumt das Leibniz-Institut einen hohen Stellenwert ein.
Durch internationale Ausstellungen und Konferenzen fördert das GWZO wissenschaftlichen Austausch, häufig auch in der Forschungsregion selbst. Damit forscht das GWZO nicht nur über die Länder des östlichen Europa, sondern auch vor Ort und schließlich gemeinsam mit ihnen.