Das ZZF legt seinen Forschungsschwerpunkt auf die jüngere Zeitgeschichte nach1945und zunehmend auf die jüngste Zeitgeschichte nach 1989. Die Zwischenkriegszeit, die Zeit der Weltkriege und der nationalsozialistischen Herrschaft werden vorwiegend im Kontext zäsurübergreifender Perspektiven auf das ganze 20. Jahrhundert und im Hinblick auf ihre Wirkungs- und Rezeptionsgeschichte thematisiert. Räumlich steht die deutsche Geschichte im Vordergrund, jedoch mit vielfältigen transnationalen und vergleichenden Perspektiven nach West- und Ostmitteleuropa. In methodischer Hinsicht greift das ZZF Fragestellungen zum Verhältnis von Politik und Gesellschaft im 20. Jahrhundert vornehmlich in einer wirtschafts-, sozial- und kulturgeschichtlichen Erweiterung auf. Einen Schwerpunkt bildet die Gesellschaftsgeschichte Ost- und Westdeutschlands in ihren internationalen Bezügen.
Auch aufgrund seiner räumlichen Situierung an der ehemaligen Ost-West-Grenze versteht sich das ZZF als Drehscheibe der fachlichen Ost-West-Kommunikation. Von Anbeginn engagiert sich das Institut für das Zusammenwachsen west- und osteuropäischer Wissenschaftskulturen. Es wirkt als Ort einer lebendigen Debattenkultur, an dem regelmäßig internationale Fellows eingebunden sind, und kooperiert mit zahlreichen universitären und außeruniversitären Forschungseinrichtungen im In- und Ausland. Über gemeinsame Berufungen ist das ZZF mit der Universität Potsdam und der Humboldt-Universität zu Berlin verbunden. Mit der Freien Universität betreibt das Institut seit 2008 gemeinsam den Masterstudiengang „Public History“.
Die Forschungsergebnisse des ZZF werden in verschiedenen Wissenschaftsverlagen publiziert. Zudem gibt das Institut eigene Schriftenreihen heraus: Seit 1993 wurden in der Reihe „Zeithistorische Studien“ im Böhlau-Verlag 60 Bände veröffentlicht. 2010 wurde die Reihe „Geschichte der Gegenwart“ gegründet. Seitdem sind im Wallstein Verlag 20 Bände erschienen, die sich Ereignissen, Prozessen und Strukturen der deutschen und gesamteuropäischen Geschichte widmen, denen eine übergreifende Bedeutung für das 20. Jahrhundert zugesprochen werden kann. Ebenfalls im Wallstein Verlag erscheint seit 2014 die Reihe "Medien und Gesellschaftswandel im 20. Jahrhundert", in der das ZZF mediengeschichtliche Studien publiziert. Seit 2016 versammelt die Reihe „Kommunismus und Gesellschaft“ im Ch. Links Verlag Studien zum Kommunismus als diktatorischer Staats- und Gesellschaftsordnung.
Über die archivgestützte Forschung hinaus spielen forschungsbasierte Infrastrukturleistungen und der Wissenstransfer am ZZF eine zentrale Rolle. Mit den „Zeithistorischen Forschungen“ gibt das ZZF seit 2004 ein führendes Peer-Review-Journal heraus. Es erscheint dreimal jährlich in zwei textidentischen Ausgaben: einer Online-Ausgabe im Open Access und einer parallelen Druck-Ausgabe. Mit Zeitgeschichte Digital entwickelt das Institut eine eigene digitale Forschungsinfrastruktur für die Zeitgeschichte. Sie erschließt und vernetzt die am Institut konzipierten und redaktionell betreuten Online-Projekte. Das Portal Zeitgeschichte-online ist mittlerweile zum wichtigsten Anbieter zeithistorischer Fachinformationen im deutschsprachigen Internet geworden. Mit Docupedia-Zeitgeschichte wird ein Online-Nachschlagewerk zu zentralen Begriffen, Konzepten und Methoden der zeithistorischen Forschung zur Verfügung gestellt. Zu den vielfältigen Online-Angeboten des ZZF zählt zudem visual-history.de, eine digitale Plattform für die historische Bildforschung.
